O Polo Xerém-UFRJ foi criado em 2008, através de uma articulação envolvendo instituições federais (UFRJ e o INMETRO), o Governo do Estado do Rio de Janeiro e o município de Duque de Caxias.  Naquela ocasião, o INMETRO cedeu um terreno de 38.000 metros quadrados à UFRJ, a prefeitura de Duque de Caxias se comprometeu em construir um prédio didático neste terreno, enquanto um prédio de Pesquisa seria construído com recursos da UFRJ, FINEP e FAPERJ.

A prefeitura também disponibilizou um espaço com 6 salas de aula de alvenaria e uma secretaria no Complexo Tamoio (Estrada de Xerém, nº 27) para possibilitar o início das atividades do Polo Xerém-UFRJ, antes do término das obras.

Tendo como coordenador geral o Professor Geraldo Antônio Guerrera Cidade e seu substituto o professor Kildare Miranda da Rocha, ambos assessorados pelo assistente em administração, Humberto Barroso Canuto e por professores das unidades proponentes e apoiadoras do projeto, o Polo Xerém recebeu no segundo semestre de 2008, alunos aprovados no processo seletivo para o curso de graduação em Ciências Biológicas, modalidade Biofísica, do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho - UFRJ. Neste primeiro momento, professores do Campus Fundão ministravam as disciplinas do primeiro período do curso.

Em 2009, com vagas cedidas pelas unidades proponentes, foram concursados e contratados 12 professores adjuntos e 01 assistente em administração.

Em 2010, ocorreu a primeira entrada dos alunos do curso Ciências Biológicas, modalidade Biotecnologia, tendo ingressado 80 alunos neste novo curso, 40 por cada semestre. Neste mesmo ano, também foi criado o curso de Nanotecnologia. Nele ingressaram 20 alunos no primeiro semestre de 2010. Já o curso de Ciências Biológicas, modalidade Biofísica selecionou 20 alunos no segundo semestre.

No ano de 2011 inicia-se a licitação para construção do primeiro prédio didático no terreno ao lado do INMETRO. Foram solicitadas as licenças ambientais, de instalação, de construção e terraplanagem.

Em maio de 2011, após aprovação pela CAPES com conceito 4, ingressaram no Polo os primeiros 25 alunos, professores da educação básica, no Mestrado Profissional em Formação Científica para Professores de Biologia (PROFBIO). Esta Pós-graduação do Polo foi criada sob a chancela do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF).

No final de 2011, já com os três cursos de graduação em andamento, a infraestrutura física do Polo alcançou seu limite: não havia salas de aula para os alunos ingressantes no primeiro semestre de 2012. Frente a esta situação, foi solicitada à reitoria a instalação de módulos habitacionais (contêineres) para abrigar novas salas e um laboratório didático de Física. Estes módulos habitacionais também seriam utilizados na construção do primeiro laboratório de pesquisa do Polo, o NUMPEX-BIO.

O ano de 2011 termina com a separação dos cursos de nanotecnologia presentes no Fundão e no Polo. Esta separação exigiu que novas estruturas de gestão fossem criadas para permitir a permanência do curso em Xerém.

O ano de 2012 foi marcado pela a criação do Colegiado Provisório de Xerém (CPX), presidido pela superintendente de atividades fora da sede, mantendo os membros da Comissão de Implantação, acrescido de representantes docentes e chefes de alguns setores administrativos e, também pela instalação dos primeiros módulos habitacionais.

Outras importantes questões exigiram envolvimento da comunidade acadêmica: 1) criação e aprovação dos nomes da comissão própria de avaliação dos cursos junto ao MEC; 2) criação do colegiado do curso de Biofísica e o início da reformulação do curso; 3) implementação da comissão de Biossegurança do Polo; 4) formação de uma comissão criadora e gestora de um laboratório de pesquisa em nanotecnologia; 5) criação de mestrado e doutorado acadêmicos através de um projeto multi-institucional envolvendo os professores do Polo e o INMETRO; 6) captação de recursos extra-orçamentários para a atualização do acervo da Biblioteca .

O ano de 2013 teve início e com ele a possibilidade de transferência para uma nova sede com 144.000 metros quadrados, às margens da BR-040, em Santa da Cruz da Serra. Esta área, com 4 prédios construídos com recursos da Petrobrás, foi inicialmente planejada para  abrigar um Centro Esportivo, uma creche e uma escola de ensino fundamental do município de Duque de Caxias.  

Em maio de 2013 ocorreu a inauguração do primeiro Núcleo Multidisciplinar de Pesquisa em Biologia, o NUMPEX-BIO. Instalado em 90 metros quadrados de módulos habitacionais, este primeiro laboratório de pesquisa do Polo foi inicialmente mobiliado e equipado com recursos provenientes da UFRJ, CAPES e FAPERJ (Anexo 1). Sua inauguração ocorreu durante o I Seminário sobre a Interiorização da Educação Superior Pública em Duque de Caxias/RJ e do I Encontro de Pesquisa em Biociências do Polo de Xerém/UFRJ (Anexo 3), eventos organizados por docentes do Polo. Em novembro de 2013, um segundo andar dos módulos habitacionais foi montado, perfazendo uma área total de 360 metros quadrados. Esta expansão do NUMPEX-BIO permitiu uma melhor organização do laboratório.

Em novembro de 2013 com a instalação do segundo andar dos módulos provisórios, foi criado o segundo laboratório de pesquisa do Polo, o NUMPEX-COMP voltado para pesquisas em computação científica, modelos matemáticos, técnicas de soluções numéricas, modelagem computacional, linguagem de programação, desenvolvimento de software, apoiando decisões e pesquisas em ciências Biológicas e tecnológicas.

No ano de 2014, o então reitor professor Carlos Antônio Levi da Conceição e o pró-reitor de pessoal Roberto Antonio Gambine Moreira vieram até o Polo para participar de uma reunião ordinária do CPX. Nesta reunião foram apresentadas e discutidas as seguintes questões: a necessidade de contratação de pessoal, a transferência para Santa Cruz da Serra, um panorama acadêmico da unidade, suas colaborações com o INMETRO e FIOCRUZ e os dois novos cursos de graduação, de Biofármacos e Engenharia Física. Foi também abordada a necessidade de institucionalização do Polo Xerém, fazendo-o figurar no estatuto/estrutura da UFRJ.

Em abril de 2014, o projeto pedagógico do curso de Engenharia Física foi aprovado e a palavra Campus surge nos títulos das atas das reuniões ordinárias do CPX. Em junho, formou-se a comissão para a elaboração do regimento interno do Campus. Foi também aprovada a sede social da EJ TecnopoliX, uma empresa júnior criada por alunos de Xerém. No mês seguinte foram aprovadas e encaminhadas para o reitor as normas provisórias para o funcionamento do Campus.  

Em setembro de 2014, o coordenador geral do Polo se reuniu com os coordenadores e os diretores adjuntos da unidade. Na semana seguinte, em uma assembléia geral, o professor Geraldo Cidade renunciou oficialmente ao seu cargo, após 6 anos de gestão, sendo a professora Raquel Soares nomeada diretora Pro Tempore, pelo reitor.

Em 15 de dezembro de 2014, a UFRJ e a prefeitura de Duque de Caxias assinaram o termo de cessão do terreno em Santa Cruz da Serra. Enquanto isso, no Complexo Tamoio, tem início a instalação de um biotério para animais de pequeno porte (camundongos) nos módulos habitacionais, com recursos provenientes de um projeto aprovado pela FAPERJ.

O ano de 2015, foi marcado pela escassez de verbas, eleição de um novo reitor da UFRJ, greve de servidores técnicos-administrativos, docentes e discentes e, infelizmente, pela falecimento do professor Geraldo Cidade, no mês de fevereiro. Dois meses depois de sua morte, foi proposto no CPX que o nome do Campus passasse a ser “UFRJ – Campus Duque de Caxias Professor Geraldo Cidade”.

Em fevereiro de 2016 foram realizados os debates entre os candidatos que disputaram a eleição para os cargos de direção e vice-direção do Campus. Nos dias 22 e 23 de fevereiro de 2016 foi realizada a votação. A chapa composta pelos professores Juan Martin Otalora Goicochea (Diretor) e Herbert Leonel de Matos Guedes (Substituto Eventual) recebeu a maioria dos votos.